Universitas Mikroskil memiliki lambang berupa Toga Hitam dalam Lingkaran Elips berwarna Merah dan Biru

Toga Hitam

Berarti menciptakan sumber daya manusia yang penuh ketenagaan dan mempunyai dedikasi dalam mengamalkan keterampilan dan kemampuan ipteks bagi kesejahteraan nusa bangsa dan negara.

Lingkaran Elips

Berarti Universitas Mikroskil dengan jiwa dan semangat Merah-Putih akan menjadikan tantangan global sebagai peluang.