Program Studi Akuntansi Universitas Mikroskil didirikan pada tanggal 24 September 2008 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia No. 211/D/O/2008 yang bernaung di bawah Yayasan Bina Pertiwi Medan. Program Studi Akuntansi mulai menerima mahasiswa baru pada TA. 2009/2010.

Program Studi Akuntansi dipimpin oleh seorang Ketua Program Studi yang mengkoordinasi pelaksanaan kegiatan-kegiatan administrasi proses belajar mengajar/akademik, administrasi umum, dan lainnya. Pelaksanaan Program Studi dibantu oleh berbagai unsur yang berada dalam naungan Universitas MIKROSKIL, di antaranya Bagian Administrasi Akademik, Bagian Administrasi Umum dan Keuangan, Bagian Administrasi Kemahasiswaan, UPT Perpustakaan, UPT Laboratorium Komputer, UPT Pembelajaran Elektronik dan Pelatihan, UPT Penjaminan Mutu, Pusat Penelitian dan Pengabdian Pada Masyarakat, Pusat Sistem Informasi, serta Pusta Penjaminan Mutu.

Pada tahun 2013, status Program Studi telah terakreditasi dengan Peringkat Akreditasi C berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor 030/SK/BAN-PT/Ak-XV/S/1/2013 tertanggal 31 Januari 2013. Pada tahun 2016, status Program Studi telah direakreditasi dengan Surat Keputusan badan Akreditasi Nasinal Perguruan Tinggi No. 3190/SK/BAN-PT/Akred/S/XII/2016  tertanggal 27 Desember 2016 dengan Peringkat Akreditasi B. Pada tahun 2021, Status Akreditasi Program Studi diperpanjang dengan Surat Keputusan badan Akreditasi Nasinal Perguruan Tinggi No. 13773/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/S/XII/2021 tertanggal 28 Desember 2021 dengan Peringkat Akreditasi B.

Sampai saat ini, Program Studi Akuntansi telah menghasilkan lulusan sebanyak 875 orang yang telah bekerja di berbagai perusahaan baik di Indonesia maupun luar negeri.